El color de un material está relacionado con sus propiedades físicas. La luz actúa en forma de onda electromagnética, la luz visible corresponde a una franja del espectro electromagnético de la luz (entre 380 y 780 nanómetros). Cuando la luz incide sobre un material este absorbe parte de la energía de la luz, que corresponde a una longitud de onda determinada, reflejando el resto de la radiación.
El color de un material corresponde a las ondas reflejadas por este. Aunque suene complejo, este fenómeno nos da una idea de la importancia del color de los minerales, ya que este responde precisamente a la franja de energía en la que actúa el mineral. Por todo ello a la hora de trabajar con minerales es importante no solamente tener en cuenta el tipo de mineral sino el color de este.
En la mayor parte de los minerales encontramos diferentes tonalidades que se deben a la composición química del mismo. Como ejemplo podemos poner la familia del cuarzo, que en su estado más puro da los cristales de cuarzo, con impurezas de hierro férrico nos de la amatista, pequeñas cantidades de titanio dan el cuarzo rosa, etc. Ello otorga a cada una de estas especies minerales diferentes propiedades.

Ha de prestarse especial atención a los minerales teñidos artificialmente, porque su color no responde a su estructura interna, por lo que no son adecuados para trabajar con ellos. La mejor forma de saber, sin ser un experto, si un cristal está teñido o no es tener una tienda o un vendedor de confianza. La mayor parte de los minerales  más comunes no suelen teñirse, pero hay que prestar especial atención a las ágatas, ya que las de colores vivos, como el rosa, el azul  y el verde intensos son siempre teñidas. Las ágatas naturales tienen color marrón, anaranjado, verdoso o azulado (calcedonia).

EL COLOR DE LOS MINERALES:

Los colores se han ordenado en el orden de los chakras desde el chakra de la tierra hasta el de la corona.

Negro: Los minerales de color negro, correspondientes al chakra de la tierra, nos ayudan a transformar las energías negativas en positivas, estando especialmente indicados para combatir miedos y para limpiar ambientes cargados de energía negativa. Uno de los minerales más útiles en este sentido es la turmalina negra (chorlo), en la que además del color su estructura interna propicia la transformación de las energías negativas.
Correspondencia física: Ano, recto, colon.

Rojo: El color rojo corresponde al chakra básico. El color rojo aporta energía, por lo que está indicado para fortalecer el cuerpo así como los aspectos mentales (voluntad, fuerza interior) que se quiera reforzar.
Correspondencia física: Órganos reproductores (ovarios, testículos) y próstata.

Naranja: Corresponde al chakra sacro. El color naranja posee como el rojo la capacidad de energizar, pero por la fusión con el amarillo posee también la capacidad de equilibrar. Son muy útiles para fortalecer la voluntad en las personas que están dejando una adicción.
Correspondencia física: Abdomen, bazo.

Amarillo: Corresponde al chakra del plexo solar. El color amarillo es el de la luz solar, el dorado. Por ello los minerales amarillos y dorados aportan energía y equilibrio, recargando energéticamente la zona donde se sitúen con una energía suave y reparadora.
Correspondencia física: Abdomen, intestino.

Verde: Corresponde al chakra del corazón. El verde es el color de la fertilidad, de la vida. Aporta capacidad regeneradora a la parte del cuerpo sobre la que se sitúe. Colocados en la tierra de las macetas ayudan al crecimiento y desarrollo de nuestras plantas.
Correspondencia física: Corazón y pulmones.

Rosa: Corresponde al chakra del corazón superior. El color rosa es el color del amor y la amistad. Ayudan a transformar cualquier exceso de energía (enfado, ira) en la energía del amor. El más representativo de todos los minerales de color rosa es el cuarzo, rosa, que es la piedra del amor por excelencia.
Correspondencia física: Corazón y pulmones.

Azul: Corresponde al chakra de la garganta. El color azul es el color del cielo, de la armonía y la paz interior. Ayuda a calmar estados de excitación, nerviosismo, ira. Por su capacidad de sosegar son útiles en cualquier estado de exaltación. Su correspondencia con el chakra de la garganta los convierte en cristales especialmente útiles para verbalizar las cosas que nos cuesta expresar.
Correspondencia física: Garganta, voz, tiroides.

Índigo: Corresponde al chakra del entrecejo (tercer ojo). El color azul oscuro o índigo poseen las mismas propiedades sedantes que las de color azul claro, solo que además ayudan a potenciar la intuición y a despertar el tercer ojo.
Correspondencia física: Tercer ojo, cerebro.

Violeta /Morado: Corresponde al chakra de la corona. El color violeta es un color muy elevado, por lo que se puede utilizar prácticamente en todas las partes del cuerpo y para casi todos los fines. Tiene la capacidad de limpiar, regenerar y aportar energía. La amatista es uno de los cristales minerales más potentes de la naturaleza, que nos ayuda en cualquier tipo de tratamiento así como en meditación.
Correspondencia física: Cerebro, tercer ojo.

Dorado, Blanco, Trasparente: Corresponde al chakra coronario superior. El blanco en sí mismo posee todos los colores, lo que significa que vibra en todas las frecuencias de la luz visible. Hay que diferenciar entre cristales blancos y trasparentes, ya que son los cristales trasparentes los que poseen la capacidad de emanar la más pura energía. El máximo exponente de la naturaleza es el cuarzo trasparente, que puede ser utilizado prácticamente para cualquier fin curativo y que emana elevadísima energía.
Los minerales no completamente trasparentes (como la calcita) o claramente blancos son especialmente útiles para limpiar y purificar, pero carecen de la elevada energía de los cristales de cuarzo o diamante.
Correspondencia física: Cerebro.